第二次世界大戰(zhàn)期間，以馬來亞華僑為主體所建立的“馬來亞人民抗日軍”，是馬來亞地區(qū)最重要的武裝力量。第二次世界大戰(zhàn)結(jié)束后，殖民地自治和最終獨(dú)立成為英國新政策。橫掃亞洲各地的殖民地民族主義浪潮很快到了馬來亞。在二戰(zhàn)最后一年，馬來亞共產(chǎn)黨與馬來人為首的部隊(duì)發(fā)生沖突，戰(zhàn)后回到馬來亞的英國人，因擔(dān)心共產(chǎn)黨勢力的擴(kuò)大，最終將馬共列為非法政黨，馬共在發(fā)現(xiàn)和平的爭取方式無效后，決定改以武力斗爭爭取。

1946年，英國宣布了一個(gè)組織馬來亞聯(lián)邦的計(jì)劃，將原先屬于馬來聯(lián)邦和馬來屬邦的蘇丹國，加上檳城和馬六甲（但不包括新加坡）合組一個(gè)英國海外領(lǐng)地，并在數(shù)年后獨(dú)立，但遭到馬來人強(qiáng)力反對(duì)  。同年3月，在柔佛首席部長奧恩·加法爾的領(lǐng)導(dǎo)下，馬來人組織成立了巫人聯(lián)合統(tǒng)一機(jī)構(gòu)。巫統(tǒng)支持馬來亞獨(dú)立，條件是這個(gè)新國家完全由馬來人掌管。面臨馬來人的反對(duì)，英國放棄了平等公民權(quán)的計(jì)劃。馬來亞聯(lián)邦在1946年6月宣布成立，在1948年解散。代之以在1948年2月1日協(xié)議成立馬來亞聯(lián)合邦。

與此同時(shí)，共產(chǎn)黨則在積極準(zhǔn)備暴動(dòng)。1945年12月抗日游擊隊(duì)解散，馬來亞共產(chǎn)黨成為一個(gè)合法政黨，但游擊隊(duì)武器卻被謹(jǐn)慎收藏起來，以備未來之用。馬共的政策是立刻獨(dú)立，并且所有民族平等。這意味著它極難招募到馬來人黨員，主要支持者來自華人主導(dǎo)的商會(huì)，尤其在新加坡；以及華人學(xué)校，其中的教師大多來自中國，將中國共產(chǎn)黨看作中華民族重生的領(lǐng)導(dǎo)者。1947年3月，隨著冷戰(zhàn)的開始和共產(chǎn)國際的左傾，馬來亞共產(chǎn)黨的總書記萊特被殺，原游擊隊(duì)首領(lǐng)陳平任總書記，陳平要求共產(chǎn)黨立刻行動(dòng)。共產(chǎn)黨發(fā)動(dòng)游擊隊(duì)行動(dòng)，期望迫使英國勢力撤離馬來亞。7月，在一連串莊園主遭到暗殺后，英國殖民政府展開反擊，宣布進(jìn)入緊急狀態(tài)，馬來亞共產(chǎn)黨被禁，數(shù)百戰(zhàn)士被捕。共產(chǎn)黨退入森林，組織了馬來亞人民解放軍，這支軍隊(duì)約有13000名男性，其中第十支隊(duì)主要由馬來人組成。

馬來西亞投資項(xiàng)目

1948年-1960年，英國開始實(shí)行馬來亞緊急狀態(tài)，鎮(zhèn)壓馬來亞共產(chǎn)黨，驅(qū)逐華僑華人回國。英國通過對(duì)華人做出經(jīng)濟(jì)和政治的讓步，并將散居鄉(xiāng)間的華人集中到位于馬共勢力范圍外的“白區(qū)”的“新村”。動(dòng)員馬來人來對(duì)抗馬來亞共產(chǎn)黨從1949年起，馬共失去抗?fàn)巹?dòng)機(jī)，招募游擊隊(duì)人數(shù)銳減。1951年馬來亞共產(chǎn)黨謀殺了英國高級(jí)專員亨利·葛尼，但是這種轉(zhuǎn)向“恐怖份子”的策略，使得馬來亞共產(chǎn)黨失去了許多溫和派的華人支持。1952年杰拉爾德·鄧普勒被任命為馬來亞英軍指揮官，鄧普勒在馬來亞發(fā)明了反游擊戰(zhàn)的戰(zhàn)術(shù)，雖然游擊隊(duì)被擊潰，但英國軍隊(duì)因著冷戰(zhàn)背景而留下來。依靠這個(gè)背景，英聯(lián)邦一員的馬來亞于1957年8月31日獨(dú)立。

1955年和1956年，巫統(tǒng)、馬華公會(huì)、印度人國大黨和英國共同制定一部憲法草案，承認(rèn)所有民族享受平等的公民權(quán)。1957年8月31日，東古阿卜杜勒·拉赫曼成為獨(dú)立的馬來亞的第一位總理。

馬來亞獨(dú)立后，這個(gè)區(qū)域還有其它英國領(lǐng)地的前途懸而未決。日本投降后，布魯克家族和英國北婆羅洲公司分別放棄了對(duì)砂拉越和沙巴的控制，成為英國皇家殖民地。以華人占多數(shù)的新加坡于1955年獲得自主權(quán)，1959年李光耀成為新加坡首席部長。盛產(chǎn)石油的文萊蘇丹國依然是英國附屬。1959年與1962年之間，英國政府召集了多次復(fù)雜的談判，在這些當(dāng)?shù)仡I(lǐng)導(dǎo)人與馬來亞政府之間進(jìn)行協(xié)商。

1961年，東古阿卜杜勒·拉赫曼贊成建立“馬來西亞”的構(gòu)想，馬來西亞將包括曾是英國海外領(lǐng)地的文萊、馬來亞、沙巴、砂拉越和新加坡。

雖然新加坡首席部長李光耀支持這個(gè)建議，但他在新加坡社會(huì)主義陣線的黨內(nèi)反對(duì)者反對(duì)這個(gè)計(jì)劃，認(rèn)為這是英國打算繼續(xù)控制這個(gè)區(qū)域的計(jì)謀。砂拉越大多數(shù)政黨也反對(duì)這個(gè)計(jì)劃，沙巴沒有政黨，但是當(dāng)?shù)厣鐖F(tuán)代表也表示反對(duì)。文萊蘇丹支持這個(gè)計(jì)劃，但是文萊人民黨反對(duì)。在1961年的英聯(lián)邦首席部長聯(lián)合會(huì)議，東古阿卜杜勒·拉赫曼向他的反對(duì)者進(jìn)一步闡述這個(gè)計(jì)劃。10月，英國政府批準(zhǔn)這個(gè)計(jì)劃，條件是必須取得參與這項(xiàng)合并計(jì)劃的地區(qū)同意。葛波率領(lǐng)葛波委員會(huì)前往婆羅洲研究當(dāng)?shù)鼐用褚庖姡J(rèn)為沙巴和砂拉越同意合并，但在文萊則有許多人反對(duì)。在新加坡的公民投票中70%的人贊成合并，條件是新加坡政府獲得實(shí)質(zhì)的自主權(quán)。文萊蘇丹退出這項(xiàng)參組馬來西亞的計(jì)劃，這是由于來自多數(shù)人民的反對(duì)、關(guān)于石油利潤分配比例的爭執(zhí)，以及關(guān)于合并后蘇丹的地位等等因素。此外，文萊的人民黨發(fā)動(dòng)武裝革命，雖然立刻遭到敉平，但被視為這個(gè)新國家潛在的不穩(wěn)定因素。

英國政府討論葛波委員會(huì)的報(bào)告后，又設(shè)立Landsdowne委員會(huì)來起草馬來西亞憲法的草稿。最后出爐的新憲法草案與1957年的馬來亞憲法基本上相同，只做了少部分修改。例如，原先對(duì)于馬來人特殊地位的認(rèn)定，擴(kuò)及到砂拉越與沙巴的所有土著。新加坡、砂拉越與沙巴這三個(gè)新加入的國，也被賦予某些自主權(quán)，這是原先的九個(gè)馬來亞州署所沒有的，因?yàn)樾录悠?、砂拉越與沙巴是以國的地位與馬來亞聯(lián)邦共同組成馬來西亞聯(lián)邦。1963年7月的談判結(jié)束后，決定馬來西亞聯(lián)邦將于1963年8月31日正式成立，這天恰好是馬來亞獨(dú)立以及英國賦予新加坡和沙巴自治權(quán)的紀(jì)念日。然而，菲律賓和印度尼西亞強(qiáng)烈反對(duì)這個(gè)事態(tài)發(fā)展，印度尼西亞稱馬來西亞為新殖民主義的代表，而菲律賓則強(qiáng)調(diào)沙巴是她的領(lǐng)土。印尼總統(tǒng)蘇加諾在印度尼西亞共產(chǎn)黨的支持下提出反對(duì)，而且砂拉越人民聯(lián)合黨發(fā)動(dòng)了多次抗?fàn)幮袆?dòng)，延遲了馬來西亞的成立?；谶@些因素，聯(lián)合國組成一個(gè)八人代表團(tuán)造訪砂拉越與沙巴，確認(rèn)他們參組馬來西亞的意愿。

馬來西亞正式于1963年9月16日成立，由馬來亞、沙巴、砂拉越與新加坡共同組成。當(dāng)年的馬來西亞人口約一千萬人。

在馬來亞獨(dú)立時(shí)，具備著很好的經(jīng)濟(jì)優(yōu)點(diǎn)。它是世界上三個(gè)重要商品（橡膠、錫和棕櫚油）最重要的出產(chǎn)國之一，也是重要的鐵礦石出產(chǎn)國。這些出口工業(yè)給馬來亞政府提供了穩(wěn)定可靠的盈余，可用來投資于工業(yè)發(fā)展和基礎(chǔ)建設(shè)項(xiàng)目。雖然巫統(tǒng)不是一個(gè)社會(huì)主義黨派，但如同其它發(fā)展中國家，馬來亞于1950和1960年代非?？粗貒矣?jì)劃，首兩個(gè)五年計(jì)劃（1956年至1960年和1961年至1965年）通過國家對(duì)工業(yè)的投資，來促進(jìn)經(jīng)濟(jì)發(fā)展，以及修復(fù)在戰(zhàn)爭和緊急狀態(tài)時(shí)期被破壞和被忽視的基礎(chǔ)設(shè)施，如公路和港口。政府試圖減少馬來亞對(duì)商品出口的依賴，因?yàn)檫@會(huì)使國家經(jīng)濟(jì)受到浮動(dòng)的市場價(jià)格所牽動(dòng)。馬來亞政府也意識(shí)到，隨著合成橡膠的生產(chǎn)和使用的普及，對(duì)天然橡膠的需求注定會(huì)滑落。由于有三分之一的馬來人勞動(dòng)力從事橡膠工業(yè)工作，發(fā)展其它類型的就業(yè)來源變得非常重要。為了讓馬來西亞出產(chǎn)的橡膠具有競爭力，意味著橡膠工業(yè)的獲利能力的增加，越來越依賴維持低工資，這又保持了農(nóng)村馬來人的貧困狀態(tài)。