1824年英國(guó)與荷蘭簽署英荷條約，最終確立了英國(guó)對(duì)馬來亞的霸權(quán)，同時(shí)也決定了當(dāng)代馬來西亞的雛形。荷蘭撤出馬六甲并放棄所有在馬來亞的利益，而英國(guó)則承認(rèn)荷蘭對(duì)東印度剩余地區(qū)的利益。這個(gè)瓜分在馬來亞地區(qū)劃了一條人為界限，這條界線遺留至今。直至第二次世界大戰(zhàn)爆發(fā)前，英國(guó)并沒有在馬來半島建立起統(tǒng)一的政治制度，而是分而治之。1910年，英國(guó)對(duì)馬來群島領(lǐng)土的統(tǒng)治模式成形。為了滿足經(jīng)濟(jì)的需要，英國(guó)大量引入華人和印度人的勞動(dòng)者，以滿足在馬來半島和婆羅洲所產(chǎn)生的殖民地經(jīng)濟(jì)需求，間接對(duì)馬來民族的經(jīng)濟(jì)和職業(yè)上的支配勢(shì)力造成威脅。在1921年時(shí)，馬來亞南印度人占其人口總數(shù)的94%   。 

海峽殖民地 馬來西亞燕屋
1826年，英國(guó)把檳城、馬六甲、新加坡與納閩聯(lián)合組成了海峽殖民地。 海峽殖民地最初由位于加爾各答的東印度公司所管理，其后檳城與新加坡先后成為這個(gè)殖民地行政中心。1867年，其行政權(quán)由印度總督移交給倫敦的殖民地事務(wù)大臣管理。1876年英國(guó)殖民者從巴西引進(jìn)橡膠樹進(jìn)行種植。1876年英國(guó)殖民者從巴西引進(jìn)橡膠樹進(jìn)行種植。1909年2月，暹羅同意將吉打、吉蘭丹、玻璃市和登嘉樓讓給英國(guó) 。1914年，蘇丹阿布·巴卡爾的繼承人蘇丹Ibrahim才接納一位英國(guó)代辦。先前屬于泰國(guó)的4個(gè)州以及柔佛合稱馬來屬邦。英國(guó)對(duì)海峽殖民地實(shí)行直接統(tǒng)治，傳統(tǒng)的政治結(jié)構(gòu)基本廢除，代之以新的形式:由總督掌握最高權(quán)力，另設(shè)行政會(huì)議和立法會(huì)議作為總督的咨詢機(jī)構(gòu)。

馬來聯(lián)邦

1896年7月5日，彭亨、雪蘭莪、霹靂與森美蘭合組為馬來聯(lián)邦，接受英國(guó)保護(hù)（四州府），實(shí)際上屬于英國(guó)控制范圍。在聯(lián)邦成立之前，一些邦已經(jīng)引進(jìn)代議制的模式。1877年9月11日， 霹靂邦成立參議會(huì)，這是除海峽殖民地外，馬來各邦中第一個(gè)立法機(jī)構(gòu)  。邦參議會(huì)主席由蘇丹擔(dān)任，成員包括駐扎官、主要的馬來酋長(zhǎng)和兩三名華人巨商。其主要工作是立法方面的，所有土邦立法由它通過  。

1896年，馬來聯(lián)邦成立后，權(quán)力集中在以英國(guó)總駐扎官(1911年以后改為首席部長(zhǎng))為首的聯(lián)邦政府手中，總駐扎官從屬于馬來聯(lián)邦高級(jí)專員(由海峽殖民地總督兼任)，高級(jí)專員負(fù)責(zé)與英國(guó)殖民部溝通、聯(lián)系。此外，馬來聯(lián)邦還設(shè)統(tǒng)治者會(huì)議、駐扎官會(huì)議、聯(lián)邦參議會(huì)(后改為聯(lián)邦議會(huì))。統(tǒng)治者會(huì)議于1897年舉行。聯(lián)邦參議會(huì)為立法機(jī)構(gòu)，于1909年成立，由高級(jí)專員主持。非官方議員由高級(jí)專員提名，經(jīng)英王批準(zhǔn)后任命。聯(lián)邦參議會(huì)也注意到不同族裔代表的分配，到1927年，在8名非官方議員中5名是歐洲人，2名是華人，1名是馬來酋長(zhǎng)。1927年，聯(lián)邦參議會(huì)改組為聯(lián)邦議會(huì) 。每個(gè)邦平均有一個(gè)相對(duì)獨(dú)立的政府，由蘇丹、英國(guó)駐扎官和顧問及一個(gè)邦的參議會(huì)組成。不過，在聯(lián)邦體制上，各邦向聯(lián)邦政府交出了大部分實(shí)權(quán)，包括稅收權(quán)、財(cái)政權(quán)。蘇丹的權(quán)力大受削弱。參議會(huì)改組后，馬來統(tǒng)治者退出，但后來議會(huì)通過的每個(gè)法案都須經(jīng)過4個(gè)統(tǒng)治者分別簽署才能生效。

馬來屬邦
馬來屬邦是對(duì)馬來半島其余未參加聯(lián)邦的各邦之統(tǒng)稱， 包括吉蘭丹、吉打、丁加奴、柔佛、玻璃市5個(gè)邦（五州府）。其中吉蘭丹、吉打、丁加奴、璃璃市是根據(jù)1909年《英暹條約》改歸英屬馬來亞管轄的。屬邦各邦在行政上各自為政， 比聯(lián)邦各邦保留了較多的實(shí)權(quán)。屬邦各邦的政治體制也保留了較多傳統(tǒng)的形式和內(nèi)容， 但也受到了時(shí)代的影響， 新的形式也出現(xiàn)了。柔佛邦于1895年頒布了一部由英國(guó)律師起草的成文憲法。按憲法規(guī)定， 成立部長(zhǎng)會(huì)議作為蘇丹的咨詢機(jī)構(gòu)， 其成員必須是穆斯林;還設(shè)立邦參議會(huì)作為立法機(jī)構(gòu)， 其成員限于柔佛臣民， 但宗教信仰不限。后又增設(shè)行政會(huì)議。這部憲法為馬來西亞歷史上第一部成文憲法。直到二戰(zhàn)前也只有柔佛和丁加奴這兩個(gè)屬邦擁有成文憲法。屬邦還須接受英國(guó)的顧問幫助管理政務(wù)， 類似于駐扎官制度， 名為顧問， 實(shí)際上可以左右蘇丹。

其他地區(qū)
19世紀(jì)后半部，英國(guó)獲得了對(duì)荷蘭從未立足的婆羅洲北岸的控制。東部（沙巴）則由受西班牙屬菲律賓控制的蘇祿蘇丹的名義統(tǒng)治。其余部分則是文萊蘇丹統(tǒng)治地。1841年，英國(guó)探險(xiǎn)家詹姆士·布魯克從文萊蘇丹手中租借了古晉，并稱自己為砂拉越的“白色拉者”。此后他不斷從文萊手上取得領(lǐng)土。婆羅洲東北部被英國(guó)商人殖民。1881年，英國(guó)北婆羅洲公司被允許控制這塊地區(qū)，受新加坡總督監(jiān)督。西屬菲律賓從未承認(rèn)蘇祿蘇丹對(duì)這些領(lǐng)土的喪失，這是后來菲律賓宣稱擁有沙巴主權(quán)的理由。1888年文萊成為英國(guó)保護(hù)國(guó)，1891年英國(guó)再與荷蘭簽訂條約，確定兩國(guó)在婆羅洲的邊界。1903年4月22日，英國(guó)和蘇祿蘇丹賈馬魯爾·基拉姆簽署《確認(rèn)割讓?shí)u嶼契約》或者稱為《確認(rèn)契約》。