在馬來半島、沙巴與砂拉越均有考古遺留出土。 人類在這個(gè)區(qū)域棲息的最古老證據(jù)可追溯到距今4000年前，發(fā)掘了舊石器時(shí)代早期文化-坦彭文化  ，舊石器時(shí)代晚期文化-巴基特·椿平遺址等， 這些舊石器時(shí)代獵人可能是塞芒人的祖先，這個(gè)矮黑人群體在馬來半島具有極深的淵源。

在距今1 萬年前起始，東南亞由舊石器時(shí)代向新石器時(shí)代過渡，在距今5000年以前的新石器時(shí)代，中國南方屬于百越民族的族群不斷遷徙入中南半島，公元前第2個(gè)千年期間，青銅器在東南亞北部地區(qū)普遍出現(xiàn)，鐵器也在公元前500年以后大量使用。 

瑟諾伊人似乎是個(gè)復(fù)合群體，有一半的母系DNA譜系來自塞芒人，另有一半來自晚近從中南半島遷來的祖先。學(xué)者主張他們是早期南島語族農(nóng)耕者的后代，大約在距今4000年前，將語言與技術(shù)帶到半島南部。他們與塞芒人結(jié)合起來并混血。

原生馬來人具有較多樣的源頭。即使他們顯示某些與海洋東南亞的關(guān)連，有些人具有來自中南半島的祖先，約在距今2000年前的最晚近的冰期高峰。某些人類學(xué)家支持原生馬來人源自今天中國云南的說法。在全新世早期，經(jīng)由馬來半島往馬來群島的人口擴(kuò)散。大約在公元前300年，原生馬來人遭到次生馬來人推往內(nèi)陸。次生馬來人是鐵器時(shí)代或青銅時(shí)代的人群，其祖源部分來自柬埔寨與越南的占族。這些次生馬來人是半島上第一個(gè)使用鐵器的人群，是馬來西亞馬來人的直接祖先。